新潟市歴史博物館は、港町新潟を象徴する旧新潟税関を中心に整備されました。敷地内には、旧新潟税関庁舎が国の重要文化財であることに加え、旧新潟税関の敷地は国の史跡、そして、歴史的建造物として移築復原された国の登録有形文化財になっている旧第四銀行住吉町支店といった国の文化財が集中しているという特色があります。新潟は、ＮＨＫの「ブラタモリ～新潟は“砂”の町！？」で紹介されたように、信濃川と阿賀野川の日本を代表する２つの大河が運んできた大量の土砂によってつくられた長大な砂丘によって成っている一方、砂丘の内側は水はけの悪い低湿地が広がり、度々襲ってくる洪水と闘いながら何時間もかかる農作業は過酷を極めました。博物館本館では、こうした自然環境に左右されながら、低湿地を美田に変えてきた水と土の歴史をジオラマや映像などによってわかりやすく紹介しています。